土地入股和股权分配，是两个不同的范畴。土地可以进行评估作价，也可以双方协商确定它的价值。而股权要根据大家投入的多少，来确定所占的比例。在投资过程中，股权比例也可以根据协商来确定。但是，法律中有一个特别的规定，就是，如果农户以土地入股，那么在解散，或者清算的时候，土地是要退还给原来的农户的，不能进行其他处置。

配股方法则各地因地制宜，大体有三种：单股权(基本股权)两档次和多股权(基本股、承包权股、贡献股)多档次。

通过股份制改造，一方面，将土地价值资产量化为股权，均等地分配给每个农民，使农户成为土地所有者，完成农民集体的所有权量化的任务;另一方面，将农民所有的土地实体资产的经营权交给集体经济组织，使其成为土地的经营者，负责土地的经营活动，从而形成集体经济组织经营和农户个体所有的新双层产权制度。